Probstheida, mundartlich ganz einfach „de Heede“ genannt, ist ursprünglich ein Straßenangerdorf aus dem 12. Jahrhundert. Der heutige Stadtteil im Südosten von Leipzig wurde durch flämische Kolonisten auf einer Waldrodung gegründet und „Heida“ genannt. 1213 ging ein Teil der Gemeinde aus dem Besitz des Markgrafen Dietrich von Meißen an den Augustiner-Chorherrenstift über. 200 Jahre später ist erstmals die Bezeichnung „Probstheida“ belegt. Seit 1543 ist der Ort Eigentum der Stadt Leipzig.

Während der Völkerschlacht 1813 war Probstheida Festung und Schlüsselstellung der Franzosen, die den Ort lange aber unter erheblichen Verlusten gegen die preußisch-russischen Truppen verteidigen konnten. Bei ihrem Abzug steckten die französischen Soldaten das durch die Kämpfe bereits zerstörte Dorf in Brand. Eine wichtige Etappe des Wiederaufbaus markiert die 1818 geweihte Immanuelkirche.

Späterhin veränderte sich Probstheida erheblich. 1886 entstand mit dem Südfriedhof einer der größten Begräbnisplätze in Deutschland, 1987 wurde die Gemeinde in das Gasnetz von Leipzig integriert und 1907 erfolgte der Anschluss an die Leipziger Wasserversorgung. Nach 15-jähriger Bauzeit wurde 1913 anlässlich der 100-Jahr-Feier der Völkerschlacht das Völkerschlachtdenkmal eingeweiht, das seither eines der wichtigsten Wahrzeichen der Stadt Leipzig darstellt. Nach dem Ersten Weltkrieg entstand das Probstheidaer Stadion (ab 1949 Bruno-Plache-Stadion) in welchem heute der Traditionsfussballverein 1. FC Lokomotive Leipzig beheimatet ist, dessen zahlreiche Leipziger Fans man nicht zuletzt am Autokennzeichen „L-OK“ erkennen kann.

Im Zweiten Weltkrieg blieb Probstheida von Bombenangriffen weitgehend verschont. 1970 wohnte ein Drittel der Bevölkerung des Stadtteils im damals neu erbauten und noch heute längsten durchgehbaren Wohngebäude Deutschlands in der Lene-Voigt-Straße. Ab 1992 entstand der aus mehreren Großgebäuden bestehender Krankenhauskomplex mit verschiedenen Spezialkliniken. Im Jahr 2003 begannen Rekonstruktions- und Sanierungsmaßnahmen am Völkerschlachtdenkmal, die bis zum 200-jährigen Jubiläum der Völkerschlacht im Jahr 2013 beendet werden sollen.